Jan Gebauer (ur. 8 września 1838 w Ubislavicach, zm. 25 maja 1907 w Pradze) – czeski filolog i językoznawca[1], profesor filologii czeskiej i słowiańskiej na uniwersytecie w Pradze.
Ukończył gimnazjum w Jiczynie[2]. Początkowo studiował teologię, ale po trzech semestrach zmienił kierunek na lingwistykę[2]. Poznawał filologię słowiańską, niemiecką, klasyczną i indoeuropejską[2]. Gebauer był twórcą nowej gramatyki czeskiej i nowoczesnego sposobu historycznych badań naukowych w dziedzinie czeskiego językoznawstwa. Był autorem nieukończonego „Słownika języka staroczeskiego” (Slovník staročeský) i „Historycznej gramatyki języka czeskiego” (Historická mluvnice jazyka českého)[1]. Z profesorem Tomaszem G. Masarykiem zwycięsko przeprowadził naukowo-literacką kampanię przeciw autentyczności rękopisów królowodworskiego i zielonogórskiego[2], uważanych dawniej za najstarszy zabytek literatury czeskiej, a w rzeczywistości będących falsyfikatami z okresu odrodzenia narodowego (początek XIX wieku).
W 1900 r. przyznano mu tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego[3].